離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成，并且一般比常規高效液相色譜柱價格要貴很多。因此，對離子色譜柱的維護保養十分重要。

離子色譜柱的維護，其原則如下：

確保離子色譜柱不干燥；

確保離子色譜柱不長霉；

確保離子色譜柱不進入顆粒物；

確保離子色譜柱不進入不可逆吸附物，特別是有機污染物；

確保離子色譜在一定的流速、壓力條件運行；

清洗的原則：

用高濃度的淋洗液清洗強保留的污染物；

用有機酸如草酸、酒石酸、檸檬酸等清洗金屬污染物；

用有機溶劑兼容的大濃度清洗有機污染物；

清洗之后，必須用二次去離子水平衡，再用淋洗液平衡。